CIR : quelles évolutions pour le statut de jeune docteur en 2025 et pourquoi recruter un docteur reste stratégique ?

Virginie Cendret
19 nov.
9 min de lecture

Vous réalisez des travaux de R&D, déclarez tous les ans du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et vous envisagez également de renforcer votre équipe ? Jusqu’en 2025, un levier était particulièrement intéressant : le recrutement d’un jeune docteur.

Historiquement, cette stratégie était doublement gagnante :

- sur le plan scientifique, et cela reste vrai aujourd’hui : intégrer un docteur renforce votre capacité d’innovation, structure vos travaux de recherche et crédibilise votre démarche R&D auprès des partenaires, investisseurs et instances publiques.

- sur le plan fiscal, jusqu’au 15 février 2025 : le dispositif jeune docteur (JD-CIR) permettait, sous conditions, une majoration du crédit d’impôt pendant 24 mois.

Ce dispositif avait été conçu pour soutenir l’intégration des docteurs en entreprise, population pourtant hautement qualifiée mais plus exposée à la précarité que les profils ingénieurs. Malheureusement, la loi de finances 2025 a mis fin à cet avantage fiscal pour les dépenses engagées après le 15 février 2025. Toutefois, les règles du JD-CIR restent applicables pour les années antérieures (2022 prescrit au 31/12/2025, 2023, 2024 et jusqu’au 14/02/2025).

Dans cet article nous faisons le point sur la fin du dispositif JD-CIR, les impacts concrets sur votre CIR 2025, les situations où il reste mobilisable (déclarations rectificatives) et pourquoi malgré cette évolution, recruter un docteur demeure un choix stratégique pour votre entreprise.

Fin du dispositif JD-CIR : ce que dit la loi de finances 2025

Intégré dès 1999 dans le CIR, le dispositif Jeunes Docteurs avait pour mission de favoriser l’embauche de ces profils dans le secteur privé. Les avantages financiers qu’il représente pour les entreprises (voir plus loin dans l’article) ont évolué de manière favorable au fil des années jusqu’à ce que le dispositif subisse un coup d’arrêt avec la loi de finances 2025 qui l’a purement et simplement supprimé.

Ainsi, l’article 55 de la loi de finances n°2025-127 promulguée le 14 février 2025 supprime le dispositif jeune docteur à compter des dépenses exposées après cette date soit à partir du 15 février 2025 (BOFiP-Impôts, Rescrit n° RES BIC-000017-20250813).

Dans les faits, quelles règles appliquer pour le calcul du CIR 2025 ?

Si vous comptiez déjà dans vos rangs des jeunes docteurs avant la date de promulgation de la loi:

sur la période du 1^er janvier 2025 au 14 février 2025, vous pouvez appliquer les règles qui étaient en vigueur avant la promulgation.
pour le reste de l’année, soit la période du 15 février 2025 au 31 décembre 2025, le(s) jeune(s) docteur(s) sont valorisés dans l’assiette de calcul de la même manière que tous les autres salariés éligibles.

Vous avez donc bien compris ; il faudra donc faire deux lignes de calcul pour cette catégorie de profil en 2025 !

Autre point de vigilance : quid du calcul si vous avez signé un contrat avec un jeune docteur en 2025 avant la date de promulgation de la loi (entre le 01/01/2025 et le 14/02/2025) : tout partait d’un bon sentiment, vous aviez anticipé le recrutement, considéré l'avantage JD-CIR mais vous ne saviez pas qu’il allait être supprimé. Malheureusement, le texte est très clair, peu importe la date d’embauche du jeune docteur, ce qui compte c’est la date de la dépense (i.e. le versement du salaire), vous ne pouvez donc pas appliquer les règles du JD-CIR au-delà du 15 février 2025.

Et pour les déclarations de CIR rétroactives ?

Pour rappel, le CIR peut se déclarer rétroactivement via une déclaration rectificative, dans la limite de 3 ans en arrière. Concrètement : vous pouvez encore déposer un CIR 2023 jusqu’au 31/12/2026.

Dans ce cas de figure, si vous aviez des jeunes docteurs (voir définition et règles plus bas dans l’article) dans vos équipes, le dispositif JD-CIR reste mobilisable pour toutes les années antérieures à l’entrée en vigueur de la loi de finances 2025.

Pourquoi recruter un docteur en sciences reste un atout stratégique malgré la fin du JD-CIR ?

Vous envisagez tout de même de recruter des docteurs en sciences malgré la suppression du dispositif fiscal dédié ? C’est une excellente décision.

Même si l'avantage JD-CIR a disparu, un docteur peut toujours être valorisé dans le CIR au titre du personnel R&D, et surtout, il apporte bien plus qu’un levier fiscal.

Il permet de maintenir un haut niveau d’expertise interne : un docteur est formé à la résolution de problèmes complexes, à la méthodologie scientifique, et à la gestion de projets de recherche. Sa présence au sein de l’équipe élève le niveau d’exigence technique et scientifique de l’entreprise, en synergie avec les ingénieurs, chefs de projet et techniciens. Il contribue à mettre en œuvre la démarche de R&D, à structurer les travaux de R&D, à sécuriser les choix technologiques ou encore à accélérer la production de nouvelles connaissances. L’expertise d’un docteur permet d’alimenter une dynamique scientifique en continu dans un contexte fort de compétition technologique.

Il reste un argument solide pour le CIR et les contrôles fiscaux : la présence de docteurs dans votre effectif est un signal fort de crédibilité scientifique pour l’administration fiscale. Elle démontre que l’entreprise dispose des compétences internes nécessaires pour mener de véritables travaux de R&D, conformément aux exigences du CIR. En d’autres termes : les docteurs renforcent la solidité de votre dossier de CIR.
Il est un avantage compétitif pour les entreprises innovantes: dans les secteurs deeptech, medtech, IA, biotechnologies ou encore robotique, recruter un docteur n’est pas seulement pertinent : c’est stratégique. Pour ces entreprises, compter dans ses rangs un ou plusieurs docteurs renforce la légitimité scientifique, peut faciliter l’accès aux programmes d’aides publiques (BPI, ANR, programmes européens…) et rassure les partenaires institutionnels ou les investisseurs.

En résumé, même sans avantage fiscal, recruter un docteur pour une entreprise est un investissement rentable pour structurer votre R&D, sécuriser votre CIR et maximiser vos chances de décrocher un financement public ou privé.

Enfin, pour les titulaires d’un doctorat en sciences, malgré la fin du dispositif, nous vous avons montré que votre diplôme reste un vrai atout pour accéder au marché de l’emploi. Sachez que des entreprises du secteur du recrutement se sont spécialisées sur ce type de profil, comme Adoc Talent Management ou encore PhDTalent. Vous pouvez aussi vous tourner vers l’Association Bernard Gregory (ABG), association qui a tant fait pour la valorisation des docteurs en France, et dont le mantra est “Où docteurs et entreprises se rencontrent”. Tout un programme !

Le CIR n’est plus un argument pour recruter un docteur mais recruter un docteur reste un excellent argument pour sécuriser son CIR.

JD-CIR : rappel des définitions et règles en vigueur avant la promulgation de la loi de finances 2025 (utile si vous déclarez rétroactivement du CIR)

Avant de détailler les avantages financiers de la valorisation au CIR des jeunes docteurs, nous définirons ce qu’est un jeune docteur (vous verrez que ce n’est pas vraiment une question d’âge), et nous détaillerons les conditions pour en bénéficier.

Qu’est-ce qu’un jeune docteur (selon le CIR) ?

Pour ceux qui craindraient de ne plus pouvoir être considérés comme jeune docteur rassurez-vous, aucun critère d’âge n’a été instauré par le législateur. Par ailleurs, la notion même de docteur soulève certaines questions. Faisons un point complet.

Pour être considéré comme jeune docteur, pour les besoins du Crédit d'Impôt Recherche (CIR), le salarié doit :

Être titulaire d'un doctorat tel que défini à l'article L. 612-7 du C. éduc., ou d'un diplôme équivalent.
Être recruté par l’entreprise en CDI, et celui-ci doit impérativement être le premier que le salarié conclut à la suite de l’obtention du diplôme.

Notez que seuls les diplômes sanctionnant une expérience de recherche accompagnée de la rédaction et la soutenance d’un mémoire sont pris en compte, les diplômes de médecine, pharmacie, vétérinaire ou dentisterie étant exclus (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20, §200).

Quelques précisions concernant la notion de première embauche :

Si le jeune docteur a effectué des CDD avant son embauche par une entreprise, celle-ci bénéficiera des mêmes avantages, dans la mesure où le salarié contractualise avec elle son premier CDI après son doctorat,
Si le docteur a déjà contractualisé un CDI préalablement, mais que sa période d’essai a été arrêtée, il pourra être considéré comme jeune docteur. L’entreprise bénéficiera des mêmes avantages liés à son embauche, sur la même période de 24 mois (cf. ci-après).
Par ailleurs, dans le cas où, avant l'obtention de son doctorat, le jeune docteur a déjà conclu un CDI dans l'entreprise, le premier recrutement est réputé avoir lieu, en l'absence de conclusion d'un nouveau CDI :
- À la date à laquelle a été signé un avenant au CDI initial reconnaissant la qualité de jeune docteur à la suite de l'obtention du doctorat ;
- Ou à la date prévue dans une clause du CDI initial qui détermine la reconnaissance de la qualité de jeune docteur à la suite de l'obtention du doctorat, sans que cette date puisse être antérieure à l'obtention effective du doctorat.

Jusqu'à récemment, lorsque les salariés n’étaient pas été recrutés en tant que docteurs, et qu’aucun nouveau contrat de travail n’était signé après l’obtention de leur doctorat, les juges considéraient que le régime jeune docteur n’était pas applicable (CAA de Nancy, 29/12/2020, 18NC02350 SAS Novalix ; CAA de Paris, 31 mai 2023, 22PA02557, Awalee Consulting).

Le conseil d'État a été amené à traiter la dernière décision de la CAA de Paris (Conseil d’État, 8e – 3e chambres réunies, 31 mai 2024, 476354). Il a ainsi jugé que les personnels déjà embauchés en CDI, puis obtenant un doctorat a posteriori, bénéficient bien du régime jeune docteur, durant les 24 premiers mois à compter de leur embauche (et non à compter de la date d’obtention de leur doctorat), quand bien même aucun avenant n'aurait été conclu avec le salarié.

Les sociétés pourront cependant toujours préférer s’appuyer sur la doctrine administrative en vigueur aujourd’hui, et faire un avenant au contrat, ce qui permettra de faire courir le délai des 24 mois à partir de la date de signature de celui-ci.

Calcul du CIR avant la loi de finances 2025 : quels étaient les avantages liés à la présence d’un jeune docteur ?

Lorsque vous embauchiez un jeune docteur, vous pouviez bénéficier, pendant une période de 24 mois, des avantages suivants dans le calcul de votre CIR :

Son salaire chargé est compté pour le double dans l’assiette de calcul
Les frais de fonctionnement calculés sont de 200 % son salaire chargé, et non 43 % pour un salarié normal.

Rappelons que ces calculs se font au prorata du temps passé par le jeune docteur en R&D.

Ainsi un jeune docteur qui participerait à hauteur de 85 % de son temps annuel travaillé en R&D ne coûtait rien à l’entreprise pendant 24 mois.

Prenons pour exemple un jeune docteur dont le coût pour l’entreprise (salaire chargé) est de 70 k€ par an, et qui passe 85 % de son temps sur des activités de R&D éligibles au CIR.

Ainsi :

Dépenses de personnel : 70 k€ x 85 % x 2 (salaire doublé) = 119 k€
Frais de fonctionnement : 70 k€ x 85 % x 200% = 119 k€
Assiette de calcul CIR = 119 k€ + 119 k€ = 238 k€
CIR = 238 k€ x 30 % = 71,4 k€

Dans notre exemple, l’entreprise récupère 71,4 k€ de CIR annuellement alors que le coût total pour l’entreprise du recrutement du jeune docteur est de 70 k€. La balance est donc même positive !

A noter que le dispositif jeune docteur n'existait pas pour le Crédit d'Impôt Innovation (CII). Il était donc impératif d'entreprendre des activités de R&D (i.e. résoudre des incertitudes techniques et/ou scientifiques par le biais d'une démarche expérimentale).

Condition de maintien de l’effectif de R&D

Pour éviter les effets d’aubaine, le législateur souhaitait que le bénéfice du régime soit subordonné au maintien de l'effectif du personnel de recherche salarié. Ainsi, il faut comparer le nombre de salariés impliqués dans la R&D sur l’année considérée avec celui de l’année précédente.

Il convient de retenir le personnel de recherche titulaire d'un contrat de travail avec l'entreprise éligible au CIR, c'est-à-dire les chercheurs et techniciens salariés dont la rémunération entre dans l'assiette du CIR. Les personnels de recherche qui ne sont pas salariés de l'entreprise (mis à disposition, intérimaires, dirigeants non salariés, stagiaires) ne doivent pas être pris en compte dans le calcul de l'effectif.

Pour prendre en compte les arrivées et départs en cours d’année, il convient de calculer l'effectif moyen pour les années considérées. Pour plus de détails sur le calcul, vous pouvez vous reporter à la doctrine administrative (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20, §260).

En conclusion, si le dispositif jeune docteur du CIR a été supprimé pour les dépenses engagées après le 15 février 2025, il reste applicable pour les années antérieures (2023, 2024 et début 2025) et peut encore être mobilisé via des déclarations rétroactives. Les règles définissant un jeune docteur, les conditions de première embauche et le maintien de l’effectif R&D continuent donc de s’appliquer pour ces périodes. Au-delà de l’avantage fiscal, recruter un docteur demeure un choix stratégique : il renforce l’expertise scientifique, structure la R&D et crédibilise vos projets auprès des partenaires, investisseurs et administration fiscale. Enfin, il constitue un atout durable pour l’entreprise, contribuant à l’innovation et à la valorisation des compétences de haut niveau sur le long terme.

Pour en savoir plus

https://www.exoqua.com/cir : présentation générale du dispositif de crédit d'impôt recherche.
https://www.exoqua.com/post/trois-risques-inattendus-du-cir : l'application du CIR peut engendrer quelques difficultés si les choses ne sont pas faites dans les règles. Découvrez 3 risques inhérents au CIR.